木心三次入狱的原因主要在于他与教堂神父发生了冲突。他认为神父所倡导的“听主心声”这一观点是错误的，因为在他看来，主是不存在的，所以无法听到主的心声。因此，他拒绝忏悔并坚持自己的观点，最终被神父报案并关押。在狱中，他连续关了三次，但始终不改变自己的口风。

需要注意的是，尽管木心在文学创作和诗歌创作中坚持自己的独立思考和创作方法，但这并不符合当时的政治环境和社会氛围，因此他被视为异类和敌人。有说法称他因不同意陈伯达的观点并与之发生矛盾，最终被陈伯达报复而入狱，但这一说法并未得到确凿证据的支持。

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