魅族MX3的M351和M353版本主要在以下几个方面存在区别：

处理器

M351采用的是三星Exynos 5 Octa 5410处理器。

M353采用的是高通Snapdragon 800处理器。

内存

M351配备2GB RAM。

M353配备3GB RAM。

存储容量

M351提供16GB、32GB和64GB的存储容量可选。

M353仅提供128GB的存储容量可选。

系统版本

M351运行基于Android 4.2的Flyme 3.0系统。

M353运行基于Android 4.4的Flyme 3.6系统。

网络制式及附加功能

M351和M353均支持联通的3G/2G和移动的2G网络，但M353的存储容量更大且支持NFC功能。

建议

用户可以根据自己的需求和预算选择合适的版本。如果对性能有较高要求，且预算充足，可以选择配备高通Snapdragon 800处理器、3GB RAM和128GB存储容量的M353版本。如果对价格较为敏感，且对性能要求不是特别高，可以选择配备三星Exynos 5 Octa 5410处理器、2GB RAM和16GB存储容量的M351版本。