司马懿家族最终是被 刘裕所灭。

司马懿死后，他的儿子司马昭逐渐掌握了朝廷大权，并由其子司马炎篡位，建立晋朝，史称西晋。西晋因“永嘉之祸”后，内乱纷争不断，最终在316年被少数民族政权所灭。然而，司马家族并未完全消失，其后人司马睿在建康重建晋廷，史称东晋。东晋末年，由于内乱和外部压力，最终由刘裕篡位称帝，建立刘宋，西晋正式灭亡。刘裕在建立刘宋后，对司马家族进行了彻底的清算，许多司马家族成员被杀或被迫流亡。

因此，可以说司马懿家族是被刘裕所灭。