当你的男朋友对你说“感谢有你”时，他可能想表达以下几种意思：

感激与爱意：

他真心感谢你出现在他的生活中，并且你给他带来了幸福和快乐。这句话体现了他对你的爱和珍惜。

认可与赞赏：

他认为你对他的人生产生了积极的影响和贡献，可能是情感支持、陪伴、鼓励或者其他方面的帮助。

幸福与满足：

他的生活因为有你而变得更加精彩，你让他感到安心和满足。

感恩与珍惜：

他可能在经历了一些挫折或困难时，得到了你的帮助和支持，因此深感感恩。

综合来看，这句话主要表达了你的男朋友对你的深深感激和深深的爱意，同时也体现了你在他生命中的重要地位。他可能希望通过这句话让你感受到他在乎你、珍惜你，并且希望你们之间的关系能够更加稳固和幸福。

建议：你可以回应他的感谢，表达你对他同样深厚的感情，并且可以进一步探讨你们之间未来的计划和期望，以加深彼此之间的理解和联系。