林黛玉和王夫人关系不好的原因主要有以下几点：

王夫人与黛玉母亲的关系不好：

林黛玉的母亲贾敏与王夫人素来不和，这使得王夫人对黛玉也没有多少好感。

黛玉的身体状况：

林黛玉自幼患有疾病，身体虚弱，这使王夫人认为她无法承担起家庭的责任，甚至可能给贾宝玉和整个贾府带来不利影响。

性格上的不合：

王夫人是一个注重家族利益和规矩的人，而林黛玉则有着强烈的自尊心和独立性，这种性格上的差异使得她们之间难以相处。

王夫人的立场：

王夫人支持“金玉良缘”，希望贾宝玉能娶一个出身高贵、身体健康的媳妇，而林黛玉显然不符合她的这些期望。

贾母的宠爱：

林黛玉在贾府中得到了贾母的宠爱，这使得王夫人在对待黛玉时必须更加谨慎，以免引起贾母的不满。

综上所述，林黛玉与王夫人关系不好的原因是多方面的，包括她们之间的家庭矛盾、性格不合以及王夫人对家族利益的考量等。