在《穿越西元3000后》这部作品中，瑶瑶最终与Sky在一起。尽管在故事的发展过程中，瑶瑶与季风之隐之间也存在着一些互动和情感纠葛，但根据作品的整体情节和结局，Sky与瑶瑶的感情线更为明确且得到了进一步的发展。

首先，虽然季风之隐在故事中扮演了重要的角色，并且与瑶瑶有一定的互动，但相比之下，Sky与瑶瑶的关系更为紧密。Sky作为故事中的男主角之一，与瑶瑶之间的感情线更为明确，并且在故事的发展过程中，两人之间的互动和感情逐渐加深。

其次，根据作品的结局，Sky最终与瑶瑶在一起，尽管他们相隔西元三千年的距离，但他们都在为打破时空而努力。这一结局明确地表明了Sky与瑶瑶之间的感情得到了圆满的结果。

此外，虽然怜美在故事中也是一个重要的角色，并且与瑶瑶之间存在一定的竞争关系，但最终怜美的爱情线并没有得到圆满的发展，而Sky与瑶瑶的感情线则得到了更好的结局。

综上所述，根据《穿越西元3000后》的故事情节和结局，瑶瑶与Sky在一起是更为合理和圆满的选择。