当审核党员档案时发现问题，应按照以下步骤进行处理：

核实身份

党组织应首先尝试联系党员入党时的党支部书记、组织委员、入党介绍人或其他相关党员，了解当时的具体情况。

可以查找其他可能的证明材料，如党员证、党费缴纳记录、党员活动参与记录等，来辅助证明党员身份。

进行认定

如确实无法找到转正记录，但党员一贯表现良好且长期为党工作，可以由相关党组织出具证明材料，确认其党员身份。

乡镇（街道）等党（工）委可以在其《入党志愿书》的“备注栏”中说明情况和原因，提出承认其党员资格的意见，并报县级以上党委组织部门审查同意。

最终审定

经过上述程序后，连同相关证明材料，一并存入本人党员档案中。

如无法认定党员身份，则由乡镇（街道）等党（工）委提出意见，报县级以上党委组织部门批准，不予承认其党员资格。

补办材料

对于时间较久的I类党员档案，如党员档案丢失或者党员档案中没有《入党志愿书》的，只要党员组织关系没有中断过且能够核实认定其党员身份的，可不再硬性要求补办相关档案材料，只须将《中国共产党党员基本情况登记表》存档即可。

对另外三类党员档案如出现材料缺失或是丢失的，要根据相关规定进行补办。

审核责任

交叉会审，提高效能增质增效。在党员档案初审的基础上，采取镇和部门“交叉会审”的方式，对各个阶段重要时间节点、程序逻辑、填写规范进行“逐项审核”。

坚持“谁审核谁负责”原则，确保“一档一清单一反馈”“一镇（部门）一专员一签字”，将党员档案审核工作责任严格落实到人。

反馈与整改

对于党员档案审查过程存在的问题及时记录在问题反馈清单中，并进行整改，避免疏漏形成闭环。

重新履行程序

如果档案问题严重到需要重新履行发展程序，也就是退回入党积极分子状态，重新确定发展对象，重新发展。

个人申请

如果因休产假等原因导致相关环节没有批复，可以向所在党组织提出申请，说明情况并请求补充完善档案资料。

通过以上步骤，可以系统地处理审核党员档案时遇到的问题，确保党员档案的准确性和完整性。建议在实际操作中咨询当地党组织或相关部门以获取准确信息和指导。