在电视剧《爱情二十年》中，孔令芹的结局与靳勇共同经历了人生的起伏。以下是相关剧情的梳理：

孔令芹的去世

孔令芹在剧中因车祸意外丧生，这一事件成为全剧的重要转折点，导致女儿娜娜患上了严重的抑郁症，靳勇不得不同时承担父亲与母亲的角色。

与靳勇的关系发展

孔令芹生前对靳勇的态度由不喜欢转为喜欢，尤其在靳勇向她表达爱意时，虽最初拒绝，但最终被其真诚打动，两人修成正果并结婚。婚后，靳勇成为厂长，杜志民成为企业家，两对夫妻各自成就显著。

结局的暗示与呼应

在剧情接近尾声时，孔令芹与靳勇在墙头笑的剪影被曝光，暗示两人最终走到了一起。这一细节与观众对两人关系的预期形成呼应，成为推动剧情发展的关键线索。

综上，孔令芹的结局是与靳勇重逢并共同走过人生风雨，但剧中未明确提及两人再婚后的具体生活细节。