关于《穿越西元3000后》的大结局，综合搜索结果分析如下：

故事背景与时间线

该漫画以叶冰瑶为主角，讲述她从西元2011年穿越到未来世界的故事。漫画已完结，正文、外传及三篇番外均已完成。

关键情节发展

- 叶冰瑶在山洞中穿越后，经历了一系列冒险，包括与神秘人物相遇、对抗敌人等。

- 后续剧情涉及叶冰瑶与好友小桔的互动，以及她对火星间谍玲美真的揭露。

- 战争结束后，叶冰瑶与威斯基共同面对时空危机，最终两人决定一起回到未来。

结局核心内容

- 叶冰瑶在对抗红色精灵时，因芯片失控导致时空力量异常，形成时空隧道。她与威斯基穿越回各自原本的时空。

- 两人穿越后，威斯基选择留下陪伴叶冰瑶，最终两人以普通男女朋友身份共同面对未来，但威斯基仍需返回未来。

总结：

叶冰瑶与威斯基在经历时空冒险后，选择相互陪伴并共同面对未来，但威斯基因职责需返回原时空，留下叶冰瑶一人。该结局为两人角色增添了温情色彩，但部分读者可能对角色分离的设定感到遗憾。