《鱼我所欲也》的层次结构如下：

第一段

第一层（从开头至“舍生取义者也”）：通过比喻引出中心论点，即舍生取义是人的本心。比喻鱼与熊掌不可得兼，取熊掌而舍鱼，以此类比生与义，得出“舍生而取义”的结论。

第二层（从“生亦我所欲”至“故患有所不辟也”）：从正面阐述，说明人们把“义”的价值看得高于生命，宁愿赴死也不愿行不义。

第三层（从“如使人之所欲莫甚于生”至“贤者能勿丧耳”）：从反面提出假设，继续证明论点。如果所欲没有什么超过生，那么凡是可以求生的手段都可以用，但却有人不用；如果所恶没有什么超过死的，那么凡是可以避祸的手段都可以用，但却有人不用。这里指出他们所追求的是有甚于生的义，所厌恶的是有甚于死的不义。

第四层（从“一箪食”至“乞人不屑也”）：以行人宁死不吃“呼尔”之食、乞人不接受“蹴尔”之食为例，进一步论证舍生取义是人所共有的本心，并开启下文。

第二段（从“万钟则不辨礼义而受之”至“此之谓失其本心”）：

第一层（从“万钟则不辨礼义而受之”至“所恶有甚于死者”）：从反面立论，论述舍义取利就是表失本心。通过对比“万钟则不辨礼义而受之”和“一箪食，一豆羹，得之则生，弗得则死”的情况，说明在义与利的选择上，人们应当坚守道义。

第二层（从“非独贤者有是心也”至段末）：指出人人都有向善（舍生取义）之心，贤者能够保持本心。

通过以上层次结构，文章清晰地论证了舍生取义的重要性，并指出这是人皆有之的本心，贤者能保持这种本心，而普通人则可能因各种因素而失去。