根据搜索结果，小明在不同场景中阅读了以下故事：

《三只小猪》

小明的妈妈在讲故事时为生僻字添加拼音，小明通过注音版学习汉字发音和意义，同时理解故事情节。

《小红帽》

同样在妈妈讲述时，小明借助注音版提升阅读能力，进一步巩固生僻字的学习效果。

《水浒传》

与朋友在图书馆阅读时，小明被书中“武松打虎”的情节吸引，甚至将笑话书中的笑喷与书中场景混淆，体现了他对武侠故事的浓厚兴趣。

植物主题故事

在图书馆的另一个场景中，小明听老人讲述关于神奇植物的故事，了解植物生长、药用价值等知识，体现了他通过故事学习自然知识的习惯。

这些故事不仅丰富了小明的阅读体验，还帮助他扩展了知识面和认知能力。