朱熹与皇帝的关系主要表现在师生关系和 政治上的对立。

师生关系

朱熹在宋宁宗时期担任焕章阁待制兼待讲，既是皇帝的顾问，又是皇帝的老师。

朱熹在宋宁宗在位期间备受尊重，对皇帝有一定的影响力。

政治对立

朱熹因其正直的性格和直言敢谏的性格，得罪了许多权贵，包括当时的宰相赵汝愚。

朱熹与赵汝愚的组合被视为靶子，韩侂胄通过操纵皇帝的感情，最终导致朱熹被罢免并受到打压。

朱熹在庆元二年（1196年）被安上“伪学逆党”的罪名，遭受严重打击。

其他关系

朱熹与朱元璋之间存在一定的家族渊源关系，尽管朱元璋并非朱熹的直系后代，但他们的家族同根同源。

朱元璋曾想认朱熹为祖宗，但并未明确宣称自己是朱熹的后人。

综上所述，朱熹与皇帝的关系主要是师生关系，但同时也存在政治上的对立和冲突。朱熹因其理学思想和正直性格，在政治上遭受了打压和排斥。