诸葛亮和周瑜没有直接合作的原因主要有以下几点：

时间和空间的差异：

周瑜主要活动在江南地区，而诸葛亮则主要活动在西南地区。两人生活和活动的时间和空间并不重叠，因此没有机会在战场上直接交手。

军事集团的利益不同：

周瑜是东吴的将领，而诸葛亮是蜀汉的丞相。两人分别属于不同的军事集团，利益自然不同。虽然他们之间有合作，但也存在争斗，这种复杂的利益关系使得他们难以形成紧密的合作。

战略和策略的差异：

周瑜注重兵力、地形和敌情三方面的统一，善于从中外交争取盟友，采用以少打多的策略。而诸葛亮则提倡“以智取胜”，主张采用计谋和诡计。虽然两者在战略制定和计谋运用上各有所长，但这并不意味着他们之间存在冲突和矛盾。

相互之间的提防：

周瑜见诸葛亮的才能不在自己之下，十分担心日后诸葛亮会成为江东之大患，因此产生了设计除去诸葛亮的念头。这种相互提防的心态也影响了他们之间的合作。

三国演义的影响：

在罗贯中的小说《三国演义》中，周瑜被描绘成心胸狭窄、忌妒诸葛亮的人物，这种文学形象的塑造使得人们对他们之间的关系产生了误解，但实际上这种描述并没有确凿的历史依据。

综上所述，诸葛亮和周瑜没有直接合作的原因主要是时间和空间的差异、军事集团的利益不同、战略和策略的差异、相互之间的提防以及文学形象的误导。尽管如此，他们在赤壁之战中仍然保持了彼此的信任和尊重，为战胜曹操奠定了坚实的基础。