拼多多旗舰店和专营店的主要区别体现在以下几个方面：

品牌授权

旗舰店：商家以自有品牌（商标为R或TM状态）入驻拼多多开设该品牌的专卖店，或者经营一个授权销售品牌商品的专卖店（授权不超过2级）。如果由商标权利人授权开设旗舰店，需提供排他授权书。

专营店：需要获得品牌方的授权，以确保所售商品的真实性和合法性。一般来说，拼多多要求专营店至少需要获得一个品牌的授权才能正常运营。对于多品牌经营的专营店，可能还需要提供其他品牌方的授权文件。

店铺运营

旗舰店：通常由品牌商直接运营或授权，所售商品均为正品，并提供官方的售后服务。

专营店：商家以自有品牌或获得授权经营品牌商品，店铺运营相对灵活，但需要遵守平台规则，确保商品质量和售后服务。

店铺数量

旗舰店：在一个平台上只能开设一家店铺，品牌权重较高，且在平台上具有独特性。

专营店：在一个平台上可以开设多家店铺，例如，美特斯邦威的旗舰店已经开设，其他商家想要找美特斯邦威合作，只能与专营店合作。

商品种类

旗舰店：可以经营一个或多个自有品牌商品，或者在获得授权的情况下经营多个品牌商品。

专营店：只能经营一个类目的商品，但可以经营一个或多个品牌商品。

消费者信任度

旗舰店：由于品牌商直接运营或授权，商品品质和售后服务有保障，消费者信任度较高。

专营店：虽然需要获得品牌授权，但消费者信任度相对较低，需要消费者仔细甄别商品质量和售后服务。

总结：

拼多多旗舰店和专营店在品牌授权、店铺运营、店铺数量、商品种类和消费者信任度等方面存在明显差异。旗舰店通常由品牌商直接运营或授权，商品品质和售后服务有保障，而专营店则需要获得品牌方的授权，店铺运营相对灵活，但需要遵守平台规则，确保商品质量和售后服务。消费者在购买时可以根据自己的需求和信任度选择合适的店铺类型。