员工自动离职的处理需要根据具体情况判断其性质，并依法依规操作。以下是具体处理步骤和注意事项：

一、确认离职性质

自动离职的认定

根据《劳动合同法》，自动离职通常指员工未提前30天书面通知或试用期内未提前3天通知即擅自离职。若员工连续旷工满15天且经合法传唤仍不返岗，则按自动离职处理。

违法离职与自动离职的区分

- 违法离职：

如未赔偿损失、未支付经济补偿或未依法办理交接，需承担赔偿责任。

- 自动离职：若员工未违反法律规定或合同约定，则无需承担赔偿责任。

二、处理流程

发送书面通知

- 通过挂号信、EMS或员工预留的通讯地址发送《限期返岗通知书》，明确返岗期限及逾期后果。

- 保留未送达的凭证（如快递回执、公告记录）。

保留沟通记录

- 收集与员工的聊天记录、邮件往来等，作为后续可能的法律纠纷证据。

办理离职手续

- 员工返回后，结清工资、支付经济补偿（如适用）并办理工作交接。

- 办理社保和档案转移手续。

三、法律风险防范

制度前置

- 在《员工手册》中明确将“不辞而别”定义为严重违纪行为，依据《劳动合同法》第39条解除劳动关系。

证据收集

- 若员工自动离职给企业造成损失（如招聘成本、业务中断），需收集证据主张赔偿。

避免不当操作

- 不可因员工未办理交接就直接终止劳动关系，否则可能被认定为违法解除。

- 离职后不得以“自动离职”为由拒绝发放工资或拒绝开具离职证明。

四、特殊情况处理

员工失联：

向确认的送达地址邮寄《催告函》，逾期不返可依法解除劳动合同。

新单位接手：员工入职新单位后，原单位应及时转移社保关系；若未入职但自愿参保，需办理新单位的社会保险登记。

总结

处理员工自动离职需结合沟通、证据和法律程序，建议企业提前完善内部管理制度，明确离职流程，降低合规风险。若发生争议，应及时咨询专业法律机构。