关于明军在灭亡元朝过程中对蒙古人的伤亡情况，历史记载和学术研究存在不同说法，需结合史实综合分析：

军事行动中的伤亡规模

明军在灭亡元朝的军事行动中，主要消灭的是蒙古军队。根据历史记载，元朝末年蒙古军队总数约为一亿两千万，但实际驻守中原的蒙古人（包括士兵和平民）至多不超过三十余万。明军在北伐过程中确实消灭了大量蒙古军队，但具体数字在史料中并未明确提及2000万的说法。

对蒙古平民的态度

朱元璋建立明朝后，对归附的蒙古人采取了优待政策，允许他们保留原有社会结构和生活方式，并允许其参与明朝军队。明军在攻占大都后，对留守的中原蒙古平民采取了较为温和的处理方式，未进行大规模屠杀。

后续蒙古势力的影响

明朝建立后，蒙古残余势力仍对中原构成威胁。明军在徐达、蓝玉等将领的指挥下，曾大破北元俘虏的蒙古王公贵族，但并未彻底消灭蒙古骑兵。明英宗时期，蒙古人曾俘获明英宗，导致明军元气大伤，此后明军对蒙古人转为消极防御策略。

综上，明军在灭亡元朝的军事行动中消灭的蒙古人数量远低于2000万，且对蒙古平民采取了较为宽容的政策。历史记载和学术研究均无明确证据支持2000万的说法。