阿甘和珍妮的故事是《阿甘正传》中的核心情节，而珍妮怀孕后离开阿甘的原因是多方面的，具体如下：

珍妮想留下孩子：

珍妮发现自己怀孕后，决定独自抚养孩子长大。她认为阿甘从小患有小儿麻痹症，身体和智力都有些不正常，担心孩子会遗传阿甘的身体疾病。因此，她选择离开阿甘，想要给孩子一个更好的生活。

珍妮的过去和内心挣扎：

珍妮的童年经历非常不幸，她曾遭受父亲的性侵，这对她的心理造成了极大的创伤。她一直无法摆脱过去的阴影，也无法与自己的内心和解。这种内心的挣扎和痛苦也是她频繁离开阿甘的原因之一。

珍妮对阿甘的感情：

尽管珍妮一直爱着阿甘，但她觉得自己放纵的经历对不起阿甘，没有勇气面对阿甘。她觉得现在的自己不配站在阿甘身边，和他在一起。因此，她选择离开阿甘，独自面对生活的挑战。

珍妮的病情：

在电影中，珍妮最终被诊断出患有艾滋病。她知道自己时日无多，不想给阿甘带来更多的痛苦和负担。于是，她选择将孩子托付给阿甘，自己则独自面对死亡。

综上所述，珍妮怀孕后离开阿甘的原因是多方面的，包括她想留下孩子独自抚养、内心的挣扎和痛苦、对阿甘的感情以及她的病情。这些因素共同作用，导致她最终做出了离开的决定。