如果进项发票丢失，企业应采取以下措施进行处理：

核实丢失情况

核实丢失的进项发票代表的具体经济关系和现实情况，并将丢失的进项票详细情况记录下来，然后及时向发票管理机构报失。

已认证发票的处理

如果丢失前已认证相符，购买方可凭借销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。

未认证发票的处理

如果丢失前未认证，可以将发票底联复印一份后留存备查，并需要向税务机关报告丢失情况，获取相应的证明文件。

加强发票管理

企业应加强进项发票的管理，将丢失发票的经济关系、抵扣方式等情况记录妥善保管，做好票据的完整性记录，以便进行税收复核核对，确保税收征管利益。

使用财务管理软件

如果企业在使用财务管理软件的情况下，可以将财务管理软件的安全性配置到最高，以防止进项发票的丢失。同时保存发票的电子备份，保证发票每月定期更新，有效防止进项发票丢失。

及时更换和提高管理流程

及时更换和提高发票的管理和存储流程，确保凭证安全存放，避免再次出现丢失的情况。

法律依据

根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十条、第二十一条、第二十九条等规定，企业应妥善保管发票存根联和发票登记簿，保存5年，并在保存期满后报经税务机关查验后销毁。

综上所述，企业在处理进项发票丢失时，应迅速核实丢失情况，根据发票是否已认证采取相应措施，并加强发票管理和使用财务管理软件以防止类似情况再次发生。同时，企业应及时向税务机关报告丢失情况，并按照税务机关的规定进行后续处理。