郑俊怀入狱的主要原因是 挪用公款罪。以下是详细情况梳理：

一、首次入狱原因

案件背景

2004年12月，郑俊怀作为伊利集团董事长、总裁，利用职务便利秘密成立外部公司，挪用伊利集团1.65亿元购买社会法人股票，以牟取个人利益。

法律后果

2005年12月30日，包头市中级人民法院判处郑俊怀有期徒刑6年，因其作为国家机关委派到公司从事公务的人员，构成挪用公款罪。

二、二次入狱原因

减刑裁定被撤销

郑俊怀2008年9月刑满释放后，因表现良好获得两次减刑，提前出狱。2019年11月，包头市人民检察院对郑俊怀的两次减刑裁定提出纠正意见，法院经重新审理于2019年11月1日撤销了减刑决定，郑俊怀需继续执行未执行完毕的刑罚。

虚假证明材料案

减刑被撤销后，郑俊怀再次入狱。2019年11月4日，法院裁定其刑期从2019年11月4日至2022年2月16日执行。经查，法院此前依据萨拉齐监狱出具的虚假证明材料作出减刑裁定，郑俊怀因此被撤销减刑。

三、相关背景补充

后续纠纷

减刑撤销后，郑俊怀仍以“2002年股份资金来源问题”为由起诉伊利及呼和浩特市投资有限公司，但相关诉讼均以失败告终。

现状

截至2023年7月，郑俊怀仍在监狱服刑，具体执行情况需以官方公告为准。

综上，郑俊怀入狱的核心原因是其挪用公款犯罪行为，而二次入狱则是因减刑裁定存在程序违法。