张家古楼的秘密主要包括以下几点：

守护长白山的秘密：

张家古楼是张家人的祖宅，世代守护着长白山的秘密，看守青铜巨门。

张起灵的起源和长生：

张起灵是张家人的祖先，被西王母钦定为第一代的张起灵，并传授了他长寿且容颜不老的秘密。张家古楼内还存放着历代张家族长的遗体，小哥作为最后一任张起灵，实际上扮演了安葬张家人的角色。

复制人的存在：

张家古楼内存有张家人利用陨铜制造出来的复制人，这些复制人在《老九门》中曾被张大佛爷用来恢复本心。

终极秘密：

张家古楼还隐藏着一些终极的秘密，包括张家世代盗墓所掌握的历史信息及不可一世的秘密。最后一层有一个神秘的房间，可能藏着穿越时间空间的通道或终极笔记中所说的终极。

机关重重：

张家古楼机关众多，只有张氏族人才能进入。非张家人擅自进入会被设计好的机关消灭掉。

群葬墓：

张家以群葬墓作为保守秘密和传递家族信息的方式。

综上所述，张家古楼不仅是张家的祖宅，还承载着守护长白山秘密、张起灵的起源和长生、复制人的制造、终极秘密的藏匿以及复杂的机关设计等多重秘密。