根据我国现行法律规定，迟到扣工资的合法性需结合具体情况判断，主要分为以下情形：

一、合法扣除的情形

因迟到导致直接经济损失

若员工迟到直接导致公司财产损失（如生产线停工、客户投诉等），公司可依据劳动合同或规章制度要求赔偿，但赔偿额不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。

符合法定程序的规章制度

用人单位可制定包含迟到扣款条款的规章制度，但需满足以下条件：

- 经职工代表大会或全体职工讨论、工会或职工代表参与制定；

- 公示或告知劳动者；

- 扣款金额合理（≤当月工资20%且不低于最低工资标准）。

二、违法扣除的情形

无直接经济损失

仅因迟到（如迟到1小时）直接扣发整天工资，或以“罚款”“乐捐”等名义扣款，均属违法行为。工资属于劳动报酬，用人单位无权随意扣减。

违反法定程序

若规章制度未经过民主程序制定或未向劳动者公示，或扣款金额超过20%且低于最低工资标准，则该条款无效。

三、维权建议

收集证据：

保留劳动合同、工资条、考勤记录及公司规章制度，证明扣款依据和金额是否合法。

协商解决：与HR沟通，要求说明扣款理由及依据，协商调整。

法律途径：若协商无果，可向劳动仲裁部门申请仲裁，要求返还罚款并支付经济补偿金。

综上，迟到扣工资的合法性需以是否存在直接经济损失、是否符合法定程序为判断依据，建议用人单位规范管理，避免因程序不当引发法律风险。